Lịch sử hoạt độngTrước khi bắt đầu hoạt động chính thức, 4 chiếc MiG-25R đã hoạt động tạm thời trong Không quân Ai Cập vào năm 1971 dưới vỏ bọc tên gọi "X-500". Cả 4 chiếc đều có dấu hiệu của không quân Ai Cập. Chúng bay theo đội hình 2 chiếc và đã bay qua Israel khoảng 20 lần. Năm 1973, một chiếc MiG-25 của Ai Cập đã đạt đến tốc độ Mach 3.2 trong khi đang bị những chiếc F-4E của Israel bám đuổi. Không quân Israel đã không thể tìm được cách nào để ngăn chặn những chiếc MiG-25, dù tình báo của Israel luôn biết trước được lịch bay qua không phận Israel của MiG-25. Những chiếc MiG-25R này sau đó đã trở về Liên Xô vào năm 1972, và sau đó những chiếc Foxbat trinh sát này lại được gửi trở lại Ai Cập vào tháng 10-1973, sau Chiến tranh Yom Kippur, và tiếp tục ở lại vào năm 1974. Không quân Israel không có khả năng ngăn chặn những chiếc MiG-25 cho đến khi họ được trang bị loại F-15 Eagle.
MiG-25 cũng phục vụ trong Không quân Iraq trong suốt thời gian cuộc chiến tranh Iran-Iraq, nhưng kết quả không được kiểm chứng.
Năm 1991 khi xảy ra Chiến tranh vùng Vịnh, một chiếc F/A-18 của Hải quân Mỹ do phi công Speicher điều khiển đã bị bắn hạ trong đêm đầu của cuộc chiến bởi một tên lửa không đối không được bắn ra từ một chiếc MiG-25. Theo tường trình thì vụ bắn hạ F/A-18 là do tên lửa R-40DT bắn từ một chiếc MiG-25PDS do phi công Zuhair Dawood thuộc phi đội số 84 của Không quân Iraq thực hiện. Sự kiện này đã khiến MiG-25 là máy bay duy nhất sau Chiến tranh Việt Nam đã bắn hạ máy bay chiến đấu của Mỹ trong thời gian chiến tranh.
Trong một sự kiện khác, 1 chiếc MiG-25PD của Iraq, sau khi tránh né 8 chiếc F-15 của Không quân Mỹ đã bắn 3 tên lửa vào máy bay tác chiến điện tử EF-111 Raven, khiến EF-111 này phải từ bỏ nhiệm vụ của mình. Điều này có thể dẫn đến việc mất một chiếc F-15 do bị bắn hạ bởi tên lửa đất đối không, vì thiếu gây nhiễu điện tử.
Ở một sự kiện khác, 2 chiếc MiG-25 đã tiếp cận 2 chiếc F-15, bắn tên lửa nhưng những chiếc F-15 đã tránh được, sau đó 2 chiếc MiG-25 đã sử dụng tốc độ bỏ xa những chiếc tiêm kích của Mỹ. 2 chiếc F-15 khác cũng đã tham gia truy đuổi những chiếc MIG-25, tổng cộng đã có 10 tên lửa khong đối không bắn vào 2 chiếc MiG-25, không quả nào bắn trúng MiG-25. Theo cùng nguồn tin, ít nhất 1 chiếc F-111 cũng bị buộc phải từ bỏ nhiệm vụ bởi một 1 chiếc MiG-25 trong 24 giờ đầu của cuộc chiến, trong một không kích vào Tikrit.
2 chiếc MiG-25 đã bị hạ bởi những chiếc F-15C của Không quân Hoa Kỳ trong chiến tranh Vùng Vịnh. Sau chiến tranh vào năm 1992, F-16 của Hoa Kỳ đã hạ một chiếc MiG-25 khi nó bay vào vùng cấm bay do Hoa Kỳ lập ra ở miền Nam Iraq.
Vào tháng 5-1997, một chiếc MiG-25RB của Không quân Ấn Độ đã bay vượt vận tốc Mach 3 ở quãng đường ít nhất là 65,000 ft, khi đang bay qua lãnh thổ của Pakistan. Theo báo cáo thì đây là một nỗ lực có suy nghĩ bởi không quân Ấn Độ để trình diễn những khả năng của MiG-25 mà Không quân Pakistan không thể sánh kịp.
Vào ngày 23-12-2002, một chiếc MiG-25 của Iraq đã bắn hạ một chiếc máy bay không người lái MQ-1 Predator của không quân Mỹ, chiếc máy bay này được trang bị tên lửa và có nhiệm vụ thăm dò đối với Iraq. Đây là lần đầu tiên trong lịch sử mà một máy bay chiến đấu có người lái và một máy bay không người lái đụng độ nhau. MQ-1 Predator được trang bị tên lửa không đối không AIM-92 Stinger, và nó được dùng để làm "mồi nhử" đối với máy bay chiến đấu của Iraq, sau đó nó sẽ tẩu thoát. Trong trường hợp này thì chiếc máy bay không người lái lại không chạy trốn, mà nó đã bắn một trong những quả tên lửa Stinger, nhưng đã trượt mục tiêu, còn quả tên lửa từ chiếc MiG-25 thì không hề trượt mục tiêu.
Không một chiếc máy bay chiến đấu nào của Iraq được sử dụng trong cuộc tấn công năm 2003, đa số đã cất dấu hoặc bị phá hủy. Vào tháng 8-2003, vài tá máy bay Iraq đã được phát hiện chôn dưới cát, bao gồm 2 chiếc MiG-25 đã được chở bằng xe gửi đến Bộ phận công nghệ tại nước ngoài bằng một chiếc C-5B Galaxy. Vào tháng 12-2006, người ta công bố một chiếc MiG-25 được tặng cho Bảo tàng không quân Quốc gia Mỹ tại Dayton, Ohio.
